En este artículo se explicó como instalar Windows 7 desde una Usb boteable pero al utilizar ISO de Windows distintas a las originales, la herramienta Windows 7 USB/DVD Download Tool da el error:  Invalid ISO File: “The selected file is not a valid ISO file. Please select a valid ISO file and try again.”

El error se produce porque la herramienta reconoce que ha sido alterada el ISO del original, pero se puede modificar ese archivo ISO para que parezca original y nos permita instalar Windows en la memoria USB (más información en ingles en el enlace del final)

Para solucionar este error vamos a descargar esta pequeña herramienta que nos modifica el ISO para solucionar el error: http://static.withinwindows.com/files/isoavdpcopy/isoavdpcopy_0.1.zip

La descomprimimos el Isoavdpcopy, y luego entramos a la consola CMD y vamos a la ubicación de Isoavdpcopy y alli veremos algo como esto:

Y para usarlo le pasamos como parámetro la ubicación del archivo ISO, por ejemplo así:

isoavdocopy D:Windows7x86.iso

Ahora ya se podrá utilizar ese archivo ISO con el programa Windows 7 USB/DVD Download Tool sin problemas ni el error Invalid Iso File.

Articulo en inglés: http://www.withinwindows.com/2009/11/01/use-the-windows-7-usbdvd-download-tool-with-custom-isos/